Лукът се бели и се нарязва на ситно. Морковът също се реже на ситно заедно с чушката и се задушават за около 5-6 минути в 30 мл. олио. Към задушените лук, морков и чушка добавяте червеният пипер, разбърквате за 10 секунди и отмествате от котлона. Белите картофите, измивате ги и нарязвате на дребни кубчета. Измивате доматите и ги режете на ситно или направо ги пасирайте.
Смесете двете супени лъжици брашно със задушените зеленчуци и разбъркайте добре, за да няма гранули от брашното. Към каймата добавете 200 мл. вода и разбъркайте хубаво. В тавата в която ще печете вашата мусака смесете задушените зеленчуци, картофите, доматите и каймата с водата. Добавете сол на вкус, 1/2 чаена лъжичка прясно смлян черен пипер, чубрицата и ситно накълцан магданоз. Сложете тавата с мусаката в предварително загрята фурна на 180 градуса на средна скара. Печете докато остане на мазнина и леко се запече отгоре. Ето как изглежда преди заливката:
Докато вкусната мусака се пече, пригответе заливката: Загрейте олиото в малка тенджерка и запържете брашното в него за около минута. Дръпнете от котлона и налейте на тънка струя прясното мляко при непрекъснато бъркане (внимавайте да не се изгорите- в началото леко пръска). Добавете сол на вкус (слагам 1/2 чаена лъжичка, но всяка марка сол овкусява различно). Върнете обратно на котлона и бъркайте интензивно докато сместа се сгъсти хубаво. Не бива да има гранули. Разбийте в купа яйцата до еднородност. Добавете разбитите яйца към горещия гъст сос като непрекъснато разбърквате. Сместа за заливката трябва да стане гладка. Извадете готовата мусака от фурната и внимателно налейте заливката. Разпределете равномерно по цялата повърхност и върнете обратно във фурната. Запечете до приятен златист загар.